Der Botanische Garten wurde ursprünglich vor der Stadtmauer angelegt, heute liegt im Zentrum der Stadt, unmittelbar nördlich der Altstadt.
Der Botanische Garten gehört zur Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät der Friedrich-Schiller-Universität Jena. Heute befinden sich dort neben Gebäuden und Anlagen zur Bewirtschaftung und Forschung auch Verwaltungsgebäude. 
Die Größe des Botanischen Gartens beträgt ca. 4,5 ha. Das Bearbeitungsgebiet der Gartendenkmalpflegerischen Rahmenkonzeption umfasst auch den angrenzenden, landschaftlich gestalteten Grießbachschen Garten. Die Gesamtfläche beträgt somit ca. 6,2ha. Beide Gärten stehen als Zeugnisse der Gartenkunst unter Denkmalschutz. Im botanischen Garten werden unter Glas und im Freiland rund 10.000 Pflanzenarten kultiviert.
Die Entwicklungskonzeption für den Botanischen Garten und seine einzelnen Bereiche basiert einerseits auf den historischen Leitzuständen und andererseits auf den heutigen und zukünftigen Nutzungen und Funktionen. Letztere haben der historischen Substanz und dem ‚Geist’ des Gartens stets den nötigen Respekt zu erweisen und sollen die Erhaltung und Sicherung des Denkmals, aber auch dessen Weiterentwicklung als zukunftsorientierten, der Forschung dienenden, wissenschaftlichen Ort unterstützen.