Auf dem Gelände des ehemaligen Wohnhauses von Hans Knöll entstand zwischen 2008-2013 ein neues Institutsgebäude. Die Herausforderung bestand darin, in be- wegter Topografie auf engem Raum eine gute Anbindung an den Institutscampus zu schaffen, die Abschirmung zu den benachbarten Wohngebäuden zu realisieren und den  phantastischen Blick über Jena zu inszenieren.
Die Freianlagen befinden sich zum großen Teil auf der Tiefgaragendecke und auf Leitungstrassen. Davon ist für den Besucher und die Wissenschaftler des Instituts kaum etwas zu spüren. Stattdessen sind der repräsentative Eingangsbereich mit auf die Institutsfarben abgestimmter Bepflanzung, der Baumsaal für das Pausengespräch, und die großzügige Terrasse mit wunderbaren Ausblick weiche Standortfaktoren, die helfen, das Hans-Knöll-Institut als eines der renommiertesten Wissenschaftsinstitute auf ihrem gebiet weiter zu entwickeln.